Ninjutsu er kendt som kunsten at overleve eller undvige. Fra en historisk vinkel dækker Ninjutsu over teknikker og strategier anvendt af Bushiér til specielle opgaver og formål i krig. Mens dens opståen er uvis, og dens udvikling formentligt er sket over flere århundrede, så etablerede den sig i den borgerkrigshærgede Muromachi periode til en selvstændig militærkunst. Ninjutsu blev her anvendt af et stort antal krigsherrer til spionage, indtrængen i fjendtligt territorium for at plante falske oplysninger, sabotage, guerilla kamp m.m. Et større antal Ninjutsu skoler blev etableret i samme periode og fremefter. Hovedlandet var Iga og Koga områderne, her var koncentrationen af Ninjutsu Ryu-ha størst, og familierne var vel beskyttet af områdernes naturlige beskaffenhed med skovrige bjerge omkring.
Tre Ninjutsu skoler er repræsenteret i Bujinkans Ryu-ha. Teknikker og våben fra disse Ryu-ha indgår som en del af den samlede træning. Ligesom andre af Bujinkans Ryu-ha, stammer disse tre skoler fra Iga området, og er følgende:
- Togakure Ryu Ninpo taijutsu
- Gyokushin Ryu Ninjutsu
- Kumogakure Ryu Ninjutsu
